La Roggia Scairolo costituisce un corridoio ecologico che mette in collegamento i boschi di versante della Collina d'Oro e dell'Arbostora con il lago Ceresio, dando inoltre continuità ad una serie di biotopi presenti sul fondovalle, come i siti di riproduzione di anfibi dello Scairolo Vecchio e di Rompiga o la palude di Vigano.
La foce costituisce il comparto ecologicamente più pregiato ed interessante, dove il corso d'acqua è libero di esprimere la sua dinamica e dà luogo, incontrandosi con il lago, ad ambienti umidi di grande valore. Qui sono infatti presenti numerosi biotopi classificati di importanza nazionale, che ospitano specie animali minacciate - tra cui la Raganella e la Natrice tassellata - mentre le rive naturali sono costellate da formazioni a canna palustre, luogo di frega del Luccio. Numerose sono inoltre le varietà di libellule, di anfibi e uccelli acquatici che popolano questi ambienti, caratterizzati da un'elevata biodiversità.
Questa ricchezza specifica ha potuto essere salvaguardata grazie alla realizzazione di un intervento di sistemazione idraulica che - impiegando tecniche di ingegneria naturalistica - ha garantito il mantenimento uno spazio sufficiente alla libera espressione delle acque e la conservazione dei processi naturali indispensabili alla sopravvivenza di flora e della fauna.
Il corso della roggia presenta alcune tratte dove è possibile, attraverso la realizzazione di interventi di rinaturazione, ricostituire un ambiente prossimo a quello naturale, a vantaggio sia della sicurezza idraulica, sia degli aspetti naturalistici, paesaggistici e di svago.