La roggia Scairolo rappresenta un importante corridoio ecologico che collega i boschi dei versanti della Collina d'Oro e dell'Arbostora con il lago Ceresio, garantendo al contempo la continuità tra i numerosi biotopi presenti sul fondovalle. Tra questi figurano i siti di riproduzione degli anfibi dello Scairolo Vecchio e di Rompiga, nonché la palude di Vigano.
La foce costituisce il comparto di maggior pregio naturalistico, dove il corso d'acqua può esprimere liberamente la propria dinamica fluviale, dando origine, nell'incontro con il lago, ad ambienti umidi di elevato valore ecologico. In quest'area sono presenti numerosi biotopi d'importanza nazionale che ospitano specie animali minacciate, tra cui la Raganella e la Natrice tassellata. Le rive naturali sono caratterizzate da estesi canneti, che rappresentano un habitat essenziale per la riproduzione del Luccio. A questi si affianca una ricca presenza di libellule, anfibi e uccelli acquatici, testimonianza dell'elevata biodiversità che contraddistingue l'intero comparto.
La conservazione di questo patrimonio naturale è stata resa possibile grazie a un intervento di sistemazione idraulica realizzato mediante tecniche di ingegneria naturalistica. L'opera ha consentito di preservare uno spazio adeguato alla naturale evoluzione del corso d'acqua, favorendo il mantenimento dei processi ecologici indispensabili alla sopravvivenza della flora e della fauna e coniugando la sicurezza idraulica con la tutela degli ecosistemi.
Lungo alcune tratte della roggia Scairolo sussistono inoltre interessanti potenzialità di rinaturazione. Interventi mirati consentirebbero di ricostituire ambienti prossimi alle condizioni naturali, con benefici non solo per la sicurezza idraulica, ma anche per la qualità ecologica e paesaggistica del territorio e per la fruizione ricreativa da parte della popolazione.
